Beberapa bulan setelah "Crows: Episode 0" masalah brews lagi ketika preman dikenal sebagai "The Army of Killers" dari saingan SMA Hosen Academy mengancam SMA Suzuran alias the School of Crows.

Geng Hosen yang kejam mengejar alumni Suzuran Sho Kawanishi (Shinnosuke Abe) setelah dia dibebaskan dari reformasi karena membunuh seorang anggota Hosen dua tahun yang lalu. Kawanishi beralih ke anggota geng Suzuran yang lebih muda untuk perlindungan. Geng Housen kemudian mencari balas dendam yang tepat di seluruh sekolah Suzuran, sementara dalam pertempuran di SMA Suzuran membuat mereka lebih rentan terhadap ancaman Housen.

Kisah Souten Kouro didasarkan secara longgar pada peristiwa-peristiwa yang terjadi di masa Tiga Kerajaan Tiongkok selama kehidupan Kanselir terakhir dari Dinasti Han Timur, Cao Cao (155 - 15 Maret, 220), yang juga berfungsi sebagai tokoh utama.

Periode Tiga Kerajaan telah menjadi tema populer di manga Jepang selama beberapa dekade, tetapi Souten Kouro sangat berbeda dari sebagian besar lainnya pada beberapa poin. Salah satu perbedaan yang signifikan adalah penggambaran yang sangat positif tentang karakter utamanya, Cao Cao, yang secara tradisional merupakan tokoh antagonis dalam bukan hanya manga Jepang, tetapi juga sebagian besar versi baru dari periode Tiga Kerajaan, termasuk versi asli abad ke-14, Romansa Tiga Kerajaan oleh Luo Guanzhong. Perbedaan lain yang signifikan dari yang lain adalah bahwa alur cerita utamanya menggunakan catatan sejarah asli dari era, Catatan Tiga Kerajaan oleh Chen Shou, sebagai referensi daripada novel Roman of the Kingdom yang disebutkan di atas. Dengan ini, pahlawan tradisional Romansa Tiga Kerajaan, Liu Bei, relatif kurang begitu penting dalam cerita dan digambarkan dalam cahaya yang kurang positif. Namun, beberapa aspek cerita sebenarnya didasarkan pada versi novel, termasuk penggunaan karakter aslinya seperti Diao Chan, serta senjata anakronistik seperti Guan Yu's Green Dragon Crescent Blade dan Zhang Fei's Viper Blade.

Tema yang konsisten di sepanjang cerita adalah keinginan Cao Cao untuk menghancurkan Cina dan orang-orangnya dari sistem dan cara berpikirnya yang lama dan memulai fokus pada pragmatisme atas cita-cita kosong. Ini sering menempatkan dia bertentangan dengan kebiasaan umum dan pengertian Konfusianisme dan mereka yang mendukung mereka.